２００６年度に新たな薬学教育制度がスタートし、６年制と４年制が併存する形となった。今年度は、新４年制入学者が最終学年にあり、来年度から従来の大学院は廃止され、新４年制を対象にした新たな大学院教育が必要になる。そのため、既に４月に、北里大学など３校が新４年制対応の大学院として、薬学研究科薬科学専攻の設置届出を行い、６月末に受理された。また、５月届出分の７大学も７月末に受理された。それに合わせて、学部定員再編や４年制学科の統合、名称変更などを行う大学もあり、新たな薬学教育制度定着に向けた模索が続いている。
４年制・６年制を併設する大学（併設校）は、国公立では17大学全て。私立は、東北薬科大学、城西大学、東京理科大学、千葉科学大学、明治薬科大学、星薬科大学、慶應義塾大学、北里大学、大阪薬科大学、近畿大学、武庫川女子大学、徳島文理大学香川薬学部、九州保健福祉大学の13校。
４年制対応の大学院設置を届け出て、受理されているのは、国公立では、静岡県立大学（薬科学科専攻30人）、岐阜薬科大学（薬科学専攻35人）、名古屋市立大学（創薬生命科学専攻36人）の３校。
私立は、北里大学（薬科学専攻15人）、慶應義塾大学（薬科学専攻20人）、東北薬科大学（薬科学専攻20人）、城西大学（薬科学専攻20人）、明治薬科大学（生命創薬科学専攻20人）、近畿大学（薬科学専攻15人）、東邦大学（薬科学専攻10人）の７校。
現時点で、10校中９校が併設校で、４年制定員の多い国公立が、私立に比べ大学院定員枠が多くなっているのが特徴。
今後、ほとんどの併設校で、４年制対応の大学院設置届出が行われると見られている。実際、今月、来月も各大学からの届け出が続く予定で、来年度に設置される４年制大学院は、ここ数カ月で概ね出揃う模様。今回、届け出られた大学院は、全てマスターコースで、次のドクターコース３年課程については現在、その準備が進めれる状況だ。
併設校ばかりでなく、６年制に特化した大学からの４年制対応大学院設置届出も行われる模様だ。現時点で、併設校でなく届け出られたのは東邦大学だけだが、関係筋によれば、旧来の４年制教育で多くの卒業生を輩出している大学では、６年制に特化しても、東邦大学と同様に、設置届出を行う意向だという。新４年制の卒業生はいないが、他大学等を含めた卒業生や、社会人を対象に募集をかけることになる。
さらに、新４年制への対応としては、北里大学が来年度、６年制定員を２６０人から２５０人とし、４年制定員を15人増やし35人とする。千葉科学大学では、４年制の薬科学科と動物創薬科学科（各40人）を「創薬科学科」に改変し50人に絞り込む。星薬科大学では４年制の学科名を、薬科学科から「生命創薬科学科」へと変更するなど、新たな動きも出始めている。
