日本OTC医薬品協会は、協会としての「企業行動憲章」と「透明性ガイドライン」を策定した。このうち企業行動憲章は、製薬企業の“社会的責任”が様々な局面で求められるようになっている中、日本経済団体連合会（経団連）の企業倫理徹底の要請を受けて、OTC薬協の会員企業が高い倫理観のもと、優れた商品やサービスを提供し、セルフメディケーションの推進を通じて、社会の発展に貢献すべきことを目標に、目指すべき姿をまとめた。
OTC薬協の企業行動憲章は、具体的には経団連の企業行動憲章を基本とし、OTC医薬品業界ならではの独自性を盛り込んだ。
「社会的に有用かつ高品質なOTC医薬品を開発・生産し、安定的に供給することを通じて、生活者の健康な生活に寄与する。同時に、生活者のニーズにも真摯に向き合い、セルフメディケーションの推進を通じて、国民の健康意識の向上に貢献する」「OTC医薬品においては、適正使用のための情報管理は企業の責務であることを認識し、その品質・安全性・有効性に関して的確かつ迅速に情報の収集・評価・分析を行い、その提供・伝達に努める。同時に、OTC医薬品の適正使用の推進に向けて積極的に活動する」――など14項目で構成されている。
