厚生労働省は税制改正要望に、診療報酬に対する消費税の取り扱いを税制抜本改革の中で検討することを盛り込んだ。
保険診療や介護保険サービスは公益性が高いため消費税は非課税だが、医療機関の設備投資や医薬品などの仕入れには課税されるため、消費税の導入時と５％への変更時に診療報酬を引き上げて措置してきた。
ただ、医療関係団体から上げ幅が不十分で、仕入れで支払った消費税額の一部が還付されていないとして、ゼロ税率を適用して仕入税額を控除できるようにするなどの損税解消策を求めている。
厚労省は、社会保障・税一体改革成案で2010年代半ばまでに段階的に消費税を10％まで引き上げて、当面の社会保障改革の安定財源にする方針が示されていることを踏まえ、税体系の見直しを行う場合、診療報酬に対する仕組みや負担のあり方を速やかに検討すべきとしている。
