健康局の2020年度予算案は、予防接種推進や薬剤耐性菌（AMR）への対応など感染症・予防接種対策に287億円を計上。癌対策には、ヒトの遺伝情報を網羅的に解析する全ゲノム解析の準備など359億円を充てる。
感染症等対策のうち、新型インフルエンザ等の感染症対策の推進に197億円を充て、抗インフルエンザウイルス薬の備蓄と新型インフルエンザワクチンに関する技術開発を推進する。また、結核が蔓延する国の人に対して、訪日前に結核健診を受診し、発症していないことの確認を求める、入国前スクリーニングを導入する。
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