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文部科学省の２００９年度概算要求は、一般会計で０８年度当初予算に比べ１２・８％増の５兆９４７２億円となった。研究開発の強化に向けたライフサイエンス関連の予算は、０８年度から１５２億１１００万円増の８６１億０７００万円を要求する。ｉＰＳ細胞関連の「再生医療の実現化プロジェクト」に０８年度より１６億５０００万円増の３６億５０００万円、癌などの重大な疾患に関わる橋渡し研究支援プログラムに４３億円増の６１億円が含まれる。
「再生医療の実現化プロジェクト」では、幹細胞の操作や治療に関する技術の開発のほか、研究拠点の整備や技術プラットフォームの構築、ヒト幹細胞バンクの整備を予定している。
革新的医薬品・医療機器の創出に向けては、橋渡し研究支援のほか、個人の遺伝情報に応じた医療の実現プロジェクトに２８億円、分子イメージング研究プログラムに１２億円、それぞれ前年度と同額要求する。
ライフサイエンス関連ではこのほか、「革新的たんぱく質・細胞解析研究イニシアティブ（仮称）」として、ゲノム情報の解析で細胞・生命プログラムを解明するため、革新的な解析能力を持つ次世代シーケンス拠点、超大量データ解析拠点やたんぱく質解析技術開発拠点を重点的に整備する新規事業を立ち上げるため６９億円を計上した。
これらのライフサイエンス関連の予算要求は、今年５月に決定した、世界に先駆けた技術開発を目指す「革新的技術戦略」や、文科・厚生労働・経済産業の３省による「革新的医薬品・医療機器創出のための５カ年戦略」に基づくもの。
イノベーションを生み出すシステムの強化に向けては、基礎研究からの技術シーズを創出するため、革新的技術など産業創出の基盤となる技術を選定し、産学官で複合的に研究開発を推進する戦略的イノベーション推進事業として、新規に２８億円を要求する。
このほか、社会・経済ニーズに対応した新技術を創出する戦略的創造研究推進事業に前年度から６１億３３００万円増の５４９億６３００万円、知的クラスター創成などの産学官連携拠点の形成支援に前年度から９６億円増の１１４億円を計上している。
一方、教育分野では、社会保障の重点施策を政府がまとめた「五つの安心プラン」でも挙がった医師不足への対策の新事業として、医師養成数の増加を目指し、教育機器などを含む環境整備に６９億９９９５万３０００円、また地域医療を担う医師養成の取り組みの支援と、産科・小児科の人材養成のための教育環境の整備や女性医師の復帰支援などに１１４億７８７６万９０００円を計上した。
また、質の高い専門医、臨床研究者の養成を行う大学病院の取り組み支援に３０億円、癌医療の担い手となる癌専門医師などの養成を行う大学への支援に２５億円など、大学病院の医師等の養成機能の強化には全体で前年度から３６億０５００万円増の７８億６０００万円を要求する。
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