行政刷新会議の「事業仕分け」で、「革新的医薬品・医療機器の創出に向けた研究・分子イメージング研究戦略推進プログラム（第II期）」（要求額７億円）などの事業が、要求額の削減が必要と結論づけられた。
分子イメージング研究は、癌の早期診断・早期治療につなげるためのもの。仕分けを行うワーキンググループの委員からは、「成果目標や到達期日を明らかにして、プロジェクトのメリハリをつけるべき」「政府他分野との重複もあるだけに削減が必要」など、厳しい意見が相次ぎ、20％から３分の１程度の削減が必要と判断された。
ライフサイエンス分野では、「革新的蛋白質・細胞解析研究イニシアティブ(ターゲットタンパク研究プログラム)」（46億円）が、「５８０億円も投入したプロジェクトの検証が不十分。仕切り直しが必要」などの理由で、20～50％の削減となった。
また、「感染症研究国際ネットワーク推進プログラム(第II期)」（21億円）は、「厚労省のネットワークのほかに、もう一つ作る必要性はない。厚労省のネットワークを強化、拡大した方が効果が出る」など、行政の二重性を指摘され、「廃止または20～50％削減」といった厳しい評価が下った。
