経腸栄養剤のエンシュア・リキッドとエンシュア・Ｈの２５０mL缶入り製剤（製造販売：明治、販売：アボットジャパン）の製造が、一時中断している。容器を供給する企業の仙台工場が被災したことによるもので、現時点の在庫約１カ月分を含めても、５月までは経腸栄養剤全体で、最大２割程度の不足が想定されるという。
こうした事態を受け、厚生労働省は１日付で地方厚生局へ事務連絡を発出し、医療機関や薬局に、通常時を上回る在庫の保持を控えるよう促している。当面の間、長期処方の自粛や分割調剤によって、必要最小限の処方・調剤を行う必要性も改めて周知した。
また、経腸栄養剤には、いやゆる医療食として扱われている類似製品があるが、在宅療養患者らを医療食へ切り替えると、自己負担が増える。そのため、医薬品の経腸栄養剤については、外科手術後など真に必要な患者を最優先とするほか、在宅療養患者へ医薬品を優先的に使用するよう、配慮を要請した。入院中で医療食による食事療養が可能な患者は、できる限り院内での食事療養費で対応するよう求めている。
エンシュア・リキッドなど、缶入り製剤の出荷再開は５月下旬の見通し。現在、被災の影響を受けなかったバッグ入り製剤の増産、海外からのエンシュア・Ｈの輸入を進めると共に、国内の代替製剤となるラコール配合経腸用液（製造販売：イーエヌ大塚製薬）も増産している。厚労省によると、遅くとも６月以降は震災前と同量が供給できるという。
