経済産業省が取りまとめた2005年の貿易動向によると、医薬品貿易（円ベース）は大幅な入超に終わった。輸入が9059億6600万円で、前年より17.8％の大幅な増加を示したのに対し、輸出は3676億6400万円で、逆に前年を4.0％下回り、03年の水準にとどまった。このため輸出入バランスは、5383億0200万円の入超になった。
前年と比較すると、輸出では血清・ワクチン等の欧米への輸出額が増え、20％を超える増加を見せたが、全体的には減少し低調だった。一方、輸入は植物性アルカロイド類やビタミン製剤が大きく伸び、また10％以上の高い伸び率を示したものが目立つ。輸出入の状況は次の通り。
輸出
医薬品の種類別に見ると、輸出額が最も多いのは抗生物質で599億7100万円（前年比8.1％増）、次いで医療用品（絆創膏、プラスター等）で248億6900万円（9.0％増）、血清・ワクチン類173億6500万円（25.0％増）だった。以下、抗生物質製剤157億7600万円（3.1％減）、ビタミン類128億9600万円（18.9％減）、植物アルカロイド類113億3600万円（9.7％減）と続いている。最も増加率が高かった血清・ワクチン類は、ドイツやスイス、トルコなど欧州を中心に輸出を伸ばし、米国でも20％近い伸びを示している。
地域別の輸出状況では、北アメリカが1471億6200万円で18.7％もの大幅な減少、それに対し西ヨーロッパは1343億2300万円で12.4％増加した。これら２地域で輸出総額の8割弱を占めている。これにアジアの627億6500万円（0.8％増）を加えると、全体の90％を超える。
国別に見ると、[1]米国1464億1300万円（18.7％減）[2]フランス192億7500万円（15.3％増）[3]韓国188億7100万円（6.4％増）[4]ドイツ178億8700万円（5.1％増）[5]オランダ177億1900万円（45.1％増）――で、これら5カ国で輸出額全体の60％に達する。
また国別の伸び率を見ると、トルコが56.8％の高い伸び率を示したほか、オランダ、スイス、オーストラリアがいずれも40％を超え、ベトナムやイタリア、ヨルダンなど輸出も好調で、地域的には欧州と中東の伸びが目立っている。
輸入
医薬品の種類別で額が最も大きかったのは、ホルモン製剤で1223億3800万円（17.4％増）、次が血清・ワクチン等の1165億4000万円（10.3％増）で、前年と逆転した。以下、抗生物質662億円4700万円（10.6％増）、医療用品586億6200万円（6.9％増）、抗生物質製剤291億5100万円（5.2％増）、ビタミン類157億0700万円（3.5％減）の順である。最も大きな伸びを示したのはビタミン製剤で、68.7％増の76億7500万円となった。
輸入額を地域別に見ると、[1]西ヨーロッパ6319億4000万円（15.8％増）[2]北アメリカ1602億1900万円（22.2％増）――で、これら２地域で輸入全体の9割近くを占める。アジアの527億3400万円（17.6％増）を加えると、総額の93％に達する。
国別では、米国が最も多く1542億5100万円（22.1％増）、次いで英国1311億4100万円（15.9％増）、ドイツ1236億4800万円（23.8％増）の順。
