総務省の「２００９年科学技術研究調査」によると、08年度の科学技術研究費の総額は、前年度比０・８％減の18兆８００１億円で、９年振りに減少した。ただ、「医薬品製造業」については、１兆２９５６億円と前年度よりも増加した。また、重点推進４分野については、「ライフサイエンス」「環境」「ナノテクノロジー・材料」が前年度より増加したのに対し、「情報通信」は減少した。
調査は、科学技術の振興に必要な基礎資料を得ることを目的に、毎年実施されている。対象は、企業等が約１万３６００（回答率約79％）、非営利団体・公的機関等が約１１００（同99％）、大学等が約３６００（同１００％）の合計約１万８３００機関。
それによると、研究費の対ＧＤＰ比率は、３・78％と過去最高を記録。主要国の中で最も高い水準となった。07年度時点では、韓国３・47％、米国２・68％、ドイツ２・54％などとなっている。
研究費のうち、自然科学に使用されたのは17兆４０７８億円（前年度比０・８％減）で、全体に占める割合は92・６％だった。内訳は、開発研究費が10兆９４９９億円、応用研究費が４兆６５２億円、基礎研究が２兆３９２７億円で、開発研究費が群を抜いている。
研究主体別では、企業等が13兆６３４５億円、非営利団体・公的機関等が１兆７２０６億円、大学等が３兆４４５０億円で、前年度に比べ、企業は１・４％減少したが、非営利団体・公的機関は１・８％、大学は０・６％増加した。
全体の約７割を占める企業等の研究費を細かくみると、「製造業」が11兆８８３１億円と突出して多く、次いで「学術研究、専門・技術サービス業」が８５７０億円となっている。「製造業」のうち、「医薬品製造業」は１兆２９５６億円（前年度比３・３％増）で、製造業全体に占める割合は９・５％と４番目に高かった。
医薬品製造業の研究費配分としては、開発研究に６６１５億円（構成比51・１％）、応用研究に３８７３億円（29・９％）、基礎研究に２４９８億円（19・０％）を投入していた。特徴的なのは基礎研究への投入で、構成比で19％を占めているのは、製造業の中では最も高く、全産業を通しても放送業に次いで２番目だった。
一方、全研究費についてみると、科学技術基本計画の重点推進４分野の▽ライフサイエンス▽情報通信▽環境▽ナノテクノロジー・材料－－で、明暗が分かれた。
情報通信が３兆２５４億円と前年比４・０％減だったのに対し、ライフサイエンスは１・９％増の２兆７４２５億円、環境は２・６％増の１兆１０５５億円、テクノロジー・材料は６・９％増の９９０７億円だった。
研究関係の従業者数は１０６万５０００人（09年３月31日現在）で、前年度比０・９％の増加となった。
職種別では、研究者が83万９０００人（前年比１・４％増）、研究事務その他の関係者が８万４７００人（０・４％増）、研究補助者が７万５５００人（同０・７％増）、技能者が６万５８００人（３・９％減）となっており、技能者の減少が目立つ結果となった。医薬品製造業に関しては、研究者が２万１７００人で、前年度より４・４％増加した。
男女別では、男性が77万４６００人（構成比87・０％）、女性が11万６１００人（13・０％）で、圧倒的に男性が多い。ただ、女性研究者数は過去最高で、着実に増加を続けている。
研究者１人当たりの研究費は２２４１万円で、前年度より２・１％減少した。企業の研究者に限ると、研究費の平均は２７６７万円で前年度より３・２％減だったが、医薬品製造業は５９６４万円と製造業では最も高かった。
