厚生労働省医薬食品局の2014年度予算案は、前年度比３・４％減となる86億9600万円となった。政府の「日本再興戦略」を具体化するための「新しい日本のための優先課題推進枠」に、薬局・薬剤師を活用した健康情報拠点の推進や、インターネット上での違法な医薬品販売サイトの監視強化、希少疾病用医薬品の開発・審査を迅速化するためのデータベース整備事業などが盛り込まれた。
予算案は、[1]医療関連イノベーションの一体的推進（推進枠：8億5900万円）[2]予防・健康管理の推進等（推進枠：2億7900万円）[3]医薬品・医療機器・再生医療製品の承認審査の迅速化（16億9200万円）[4]医薬品・医療機器・再生医療製品の安全対策の推進（11億1600万円）[5]適切な承認審査や安全対策のあり方等に関する研究（レギュラトリーサイエンス研究等）の推進（10億2600万円）[6]脱法ドラッグなどの薬物乱用対策の推進（3億0900万円）[7]血液製剤対策の推進（1億2700万円）――の７本が柱。
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