日本保険薬局協会（NPhA）は、会員薬局を対象に実施した2026年度調剤報酬改定の影響調査結果を公表し、調剤基本料、地域支援・医薬品供給対応体制加算、電子的調剤情報連携体制整備加算、調剤管理料、かかりつけ薬剤師指導料の主要5項目で、受付1回当たり平均12.25点の減点になると試算した。対象薬局の88.3％がマイナス影響を受けるとし、NPhAは「厳しい結果」との認識を示した。立地形態別では、医療モール型薬局で調剤基本料区分の変更、在宅医療特化型薬局で調剤管理料見直しの影響が大きかった。
調査結果によると、調剤基本料の影響額は平均でプラス0.62点（中央値プラス2点）だったが、8.6％の薬局では減点となった。地域支援・医薬品供給対応体制加算は改定前の関連加算と比べて平均マイナス4.84点（中央値マイナス3点）、電子的調剤情報連携体制整備加算は平均マイナス0.42点（中央値0点）で、電子的調剤情報連携体制整備加算の算定率は97.5％となった。
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