“バイオ医薬品”のイメージが強い中外製薬だが、売上高全体の約４割は低分子医薬品。製造子会社「中外製薬工業」の藤枝工場は、錠剤・カプセル剤・顆粒剤など経口剤の一大拠点として、低分子医薬品製造を担う。一般活性医薬品だけでなく、抗癌剤など微量で体内に作用する高活性医薬品の原薬・製剤・包装を一貫生産している。
中外の医薬品製造は、中外製薬工業が統括し、バイオ医薬品を製造する宇都宮工場、バイオ原薬・注射剤を製造する浮間工場（東京都北区）、藤枝工場の国内３拠点で展開。藤枝工場では、合成原薬製造からスタートし、2008年２月には固形剤棟を竣工。10年末には閉鎖した鎌倉工場を集約し、合成原薬から製剤・包装まで一貫して製造する。
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