厚生労働省の「新型インフルエンザ対策専門家会議」は、フェーズ４以降で新型インフルエンザが国内発生した際の、対策ガイドライン（ＧＬ）をまとめた。パブリックコメント等の意見を踏まえ、対策に実施主体明確化や、相談体制の充実が図られた。ＧＬは各都道府県に公開するほか、厚労省ホームページにも掲載している。
ＧＬでは、対策の主体について、▽早期対応戦略は都道府県▽医療体制と積極的疫学調査については都道府県及び保健所設置市、特別区””が担うなどの明確化が図られた。
また、発生初期に住民からの相談に応じる発熱相談センターの設置が新たに盛り込まると共に、外部委託等によるコールセンターを設置し、一般向けに幅広く情報提供・収集を行うことなどの対策も実施していくことにした。
抗インフルエンザウイルス薬のＧＬでは、タミフルに加えてリレンザも盛り込まれた。タミフルは、２５００万人分を国と都道府県で備蓄することになっているが、ＧＬでは流通調整をはじめ、予防投与や感染拡大時の投与優先順位の考え方について示している。またリレンザについては、流行しているウイルスがタミフル耐性である場合を想定し、危機管理のために備蓄するもので、タミフルのＧＬに基づいて投与する。
なお、タミフルに10代への投与中止の緊急安全性情報が出されたことを受け、予防投与のあり方が議論されたが、現段階ではデータが不足していることから、今後の科学的な解明を待つこととなった。治療投与では、新型インフルエンザは致死率が極めて高いことから使用すべきとの意見が主となっている。
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