厚生労働省が開催した第３回省内事業仕分けで、国立病院機構は、共同入札で購入する医薬品リストの見直しや、共同入札対象の医療機器の機種拡大に取り組むことを盛り込んだ組織改革案を示した。
国立病院機構は、本部の下に１４４病院を傘下に持つ。癌・循環器・脳卒中・糖尿病の４疾病と、救急・災害・へき地・周産期・小児の５事業で地域医療に貢献するほか、政策医療として結核・重度心身障害・筋ジストロフィー・心神喪失者等観察医療・エイズの５事業を担っている。
このほか、国内最大の病院ネットワークを生かし、過去３年間に薬事承認された２４７品目の約６割に当たる１４３品目の治験を実施。厚労省の要請を受け、新型インフルエンザワクチンの有効性・安全性を検証する治験にも対応した。
改革案では、２０１１年度から非特定独立行政法人に移行し、５万１０５８人いる国家公務員を非公務員化すると共に、国の再編計画に基づく病院の統廃合を進め、国からの財政支援を削減する方向性を提示。さらに、一般競争入札の徹底や一者応札の解消、共同入札による医薬品・機器の調達コストのさらる削減に取り組む考えを示した。
医薬品の調達については、現在、全国を北海道東北、九州、その他の３エリアに分けて本部での共同入札を実施している。また、医療用消耗品については北海道東北ブロック、九州ブロックの事務所で、検査試薬は全６ブロック事務所で共同入札を行っている。
